دقیقا یک روز بعد از پذیرش قطنامه ۵۹۸ در تاریخ ۲۸ تیر۱۳۶۷، خمینی دستور قتل عام زندانیان سیاسی را در سراسر ایران صادر کرد.
در تاریخ ۶ مرداد ۱۳۶۷ با مدیریت احمد خمینی هیات مرگ تشکیل شد.
این هیات شامل:
حسینعلی نیری رئیس هیأت مرگ، مرتضی اشراقی دادستان انقلاب، مصطفی پور محمدی با سمت معاونت وزارت اطلاعات (نظر او بر رای دیگران ارجحيت داشت) و ابراهیم رییسی معاون دادستان وقت بود.
جنایتی در ابعاد ملی در شرف انجام بود، پروژه ای که کمتر کسی از آن اطلاع داشت، جنایتی که فکر آن از ۴ سال قبل در بیت خمینی توسط احمد خمینی و اتاق فکر وزارت اطلاعات رژیم جمهوری اسلامی مطرح شده بود.
طبق اسناد و مدارک موجود و شاهدان جان به در برده از قتل عام زندانيان سياسی در تابستان ۶۷، شش ماه قبل از کشتار زندانیان سیاسی در زندان گوهر دشت کرج، وزارت اطلاعات با توزیع پرسش نامه شروع به تفکیک زندانیان به لحاظ مدت محکومیت، نوع جرم و ... کرده بود.
زندانیان سیاسی از زندان های کوچک تر به زندان های بزرگتر منتقل شدند، پروتکل های امنیتی و تیم های اجرایی در رابطه با انجام قتل عام زندانیان سیاسی توسط وزارت اطلاعات سازمان داده شدند.
خمینی با چند خط دست نوشته، حکم قتل هزاران زندانی سیاسی را که از دادگاه های انقلاب حکم داشتند و در حال طی کردن دوران محکومیت خود بودند، صادر کرد.
حتی بخشی از زندانیان که دوران زندان خود را سپری کرده و در مرحله آزادی بودند، با حکم خمینی به جوخه های مرگ سپرده شدند.
دستور خمینی حتی با موازین حقوقی جمهوری اسلامی هم در تناقض بود.
فاجعه ملی (قتل عام زندانیان سیاسی) در مرداد ۶۷ با قطع ملاقات های زندانیان سیاسی به مدت سه ماه و با اعدام اعضا و هواداران سازمان مجاهدین آغاز شد و در ادامه به اعضا و هواداران احزاب و سازمان های چپ رسید.
جنایت و فاجعه ای در ابعاد ملی بر اساس بنیان های ایده الوژیک رادیکالیسم اسلامی که به غیر از عده ای معدود کسی از آن اطلاع نداشت.
جنایاتی تکان دهنده با تکیه بر خشونت، جنون و حمایت قدرت و نهادهای نظامی امنیتی در یک حکومت دینی که در طول تاریخ کشورمان کم سابقه بود.
چنین حدی از توحش در کشتار زندانیان حتی در حمله مغول، تیمور لنگ، اعراب و ... در ایران بی سابقه یا نادر بود.
تفکر ایده الوژی محور بر اساس رادیکالیسم اسلامی، همراه با خشونت و جنون، که از بدو شروع انقلاب اسلامی با آتش زدن سینما رکس آبادان آغاز گشته بود و منجر به مرگ صدها هموطن ما شروع شد، راه خود را طی روز ها، ماه ها و سال های بعد، از بتن تحولات سیاسی در کشورمان ادامه داد، تا در نهایت ماشین کشتار جمعی جمهوری اسلامی، به قیمت جان و هستی ده ها هزار دگر اندیش و زندانی سیاسی، برقرار شود.
قتل عام زندانیان سیاسی در تابستان ۶۷ اوج جنون و عمق ابتذال تفکر و نظام توتالیتر مذهبی شیعه بود که حتی به کودکان ۱۵ _ ۱۶ نیز رحم نکرد و آن ها را به جوخه های اعدام سپرد.
عمق ابتذال فکری و عقیدتی این نظام تا آن جا پیش رفت که جلادان خواهر را در برابر برادر با اسلحه پر قرار دادند و گفتند: "شلیک کن"!!
برادر به دست خواهر کشته شد و خواهر برای تمام عمر در بیمارستان های روانی سکنی گزید...
تابستان ۶۷ سندی تاریخی از جنایتی ماندگار با محوریت اعتقاد به بنیاد گرایی اسلامی است که برای کشتار، شکنجه و اعدام انسان های دگر اندیش، هم زمان شش زندانی را با یک میله توسط جرثقیل دار می زدند تا زندانیان در بالای دار بیشتر زجر بکشند و جان بدهند.
طبق اسناد موجود، جلادان امنیتی در زمان اعدام ها، با کشتن یا چگونه به قتل رساندن زندانیان سیاسی تفریح می کردند، اعدام های مصنوعی راه می انداختند، به این صورت که شخص زندانی را بارها بالای دار می بردند در حدی که فقط بیهوش شود، اما زنده بماند و دوباره اعدام را تکرار می کردند، یا جای زندانیان تواب و سرموضع را برای خنده و سرگرمی عوض می کردند و آن ها را به قتل می رساندند.
به قول ه. ا. سایه
اما چه باید گفت از انسان نمایانی که
ننگ نام انسانند
درنده خوایانی که هم دندان گرگانند
آنان عشق و مهربانی را
در دست های کور و کین کشتند
آنان که انسان بودن خود را
در پای دین کشتند
ای غم
تو با این کاروان سوگواران
تا کجا همراه می آیی؟
افزودن دیدگاه جدید